はい、CGI(Perl)はどのフォルダでも動作いたします。

ただし、標準で設置されているcgi-binフォルダにつきましては、セキュリティ上の理由により、CGIファイル以外を表示する事はできません。
それ以外のフォルダでしたら制限なくご利用いただけます。